Bei der Epi-LASIK wird das Hornhaut-Epithel wiederverwendet. Zu Beginn der Operation erfolgt der Epithelabtrag mit einem speziellen Gerät, das als Epi-Keratom bezeichnet wird. Dieses Instrument ist einem Mikrokeratom sehr ähnlich, verwendet aber anstatt einer scharfen Metallklinge eine stumpfe „Kunststoff-Klinge“.
Diese Kunststoffkante hebt das Epithel im gewünschten Behandlungsbereich kreisförmig ab, ohne die Hornhaut zu schädigen. Der abgehobene kreisförmige Epithel-Lappen wird zur Seite geklappt. Sodann erfolgt die Laserbehandlung der Hornhautoberfläche. Nach deren Abschluss wird der Epithel-Lappen wieder auf die Operationsstelle zurückgeklappt. Es wird eine therapeutische Kontaktlinse aufgesetzt, die das Wundgebiet schützt. Daraufhin beginnt die Wundheilung.

Der Heilungsprozess erfolgt insbesondere bei der Epi-LASIK vergelichsweise schnell, da der Epithel-Flap den größten Teil der Behandlungszone abdeckt und somit weniger Gewebe nachwachsen muss.